# This data file contains the DNA sequence data reported by Wooding et al. (2002). # These data are for nucleotide substitutions only: indels and repeats were present, but were not reported. # # # If you use these data, please site: # # Wooding, S. P., Watkins, W. S., Bamshad, M. J., Dunn, D. M., Weiss, R. B., # Jorde, L. B. 2002. DNA sequence variation in a 3.7kb noncoding sequence 5' # of the CYP1A2 gene: Implications for human population history and natural # selection. American Journal of Human Genetics 71:528-842. # Human Data ========== Key: Cont = continent of origin, Pop = Population of origin. Each individual is represented by one line of data. The genotype for each position is indicated by the pair of nucleotides. Unknown genotypes are indicated by ??. "Gene position" denotes the position of a nucleotide relative to the first nucleotide of the start codon, which is at position 1. Variable Nucleotide 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ------------------- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---- --- --- --- --- Gene Position -2993 -2992 -2963 -2780 -2728 -2701 -2697 -2335 -2215 -2012 -1950 -1880 -905 -809 108 160 272 394 Cont. Pop. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ----- ----- ----------------------------------------------------- Af Sotho GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GT:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GA Af Sotho GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:TT:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Sotho GG:AA:GA:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG Af Nguni GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Nguni GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Nguni GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Biaka Pygmy GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Biaka Pygmy GG:AA:GG:AA:TT:GT:TG:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG Af Biaka Pygmy GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy GG:AA:GG:AA:TT:TT:TT:GG:AA:GG:CC:GG:GG:CC:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy ??:??:??:??:??:??:??:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy GG:AA:GA:AA:TC:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Mbuti Pygmy GG:AA:GA:AA:TC:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:??:??:GG:TT:GG:GG Af !Kung (Bushmen) GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:TT:TT:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG Af !Kung (Bushmen) GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af !Kung (Bushmen) GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG Af Alur GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GC:GG Af Alur GG:AA:GG:AA:TC:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Alur GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Nande GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG Af Nande GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG Af Nande GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Hema GG:AA:GA:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG Af Hema GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Hema GG:AA:GG:AA:TC:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Nigerian GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Nigerian GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG Af Nigerian GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GT:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Kenyan GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GT:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Af Kenyan ??:??:??:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:??:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Cambodian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Cambodian GG:AA:GA:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Cambodian GG:AA:GG:AA:TT:GT:TG:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG As Chinese GG:AA:GA:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Chinese GG:AA:GA:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG As Chinese GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Chinese GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Chinese GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG As Japanese GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Japanese GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG As Japanese GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Japanese GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Japanese GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Aboriginal Malay GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Aboriginal Malay GG:AA:GA:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Aboriginal Malay GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Vietnamese GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Vietnamese GG:AA:AA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Vietnamese GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Mongolian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Mongolian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Daghestani GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Daghestani GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:??:AA:TT:GG:TT:??:GG As Daghestani GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG As Daghestani GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu North European GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu North European GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu North European GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu North European GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu North European GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu French GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu French ??:??:??:??:??:??:??:??:??:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:??:?? Eu French GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu French GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG Eu French GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Italian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:??:??:GG:TT:GG:GG Eu Italian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Italian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Italian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Italian GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Polish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Polish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Polish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Polish GA:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Polish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:??:??:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GG:??:??:??:??:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Eu Finnish GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Brahmin GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Brahmin GG:AG:GA:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GA:TT:GG:GG In Brahmin GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Kshatriya GG:AA:GG:AA:TT:GT:TG:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG In Kshatriya GG:AA:GG:AA:TT:GT:TG:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG In Kshatriya GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Yadava GG:AA:GA:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Yadava GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Yadava GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GT:GG:GG:TT:GG:??:??:GG:TT:GG:GG In Mala GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:TT:TT:GG:TT:GG:GG In Mala GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TT:GG:TG:GG:GG In Mala GG:AA:GG:AA:TT:GG:GG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Mala GG:AA:GA:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG In Mala GG:AA:GA:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Mala GG:AA:GG:AA:TT:TT:TT:GG:AA:GG:CC:GG:GG:CC:GG:GG:GG:GG In Relli GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Relli GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Relli GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Irula GG:AA:GG:AA:TT:GT:TT:GG:GA:GG:TC:GG:AG:TC:GG:TG:GG:GG In Irula GG:AA:GG:AG:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TC:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Irula GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Khondadora GG:AA:GG:AA:TT:GG:GG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Khondadora GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Khondadora GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Santal GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Chenchu GG:AA:GG:AA:TT:GG:TG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Chenchu GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG In Chenchu GG:AA:GG:AA:TT:GG:GG:GG:GG:GG:TT:GG:AA:TT:GG:TT:GG:GG Data for apes at nucleotide positions variable in humans (note that the apes are variable at additional positions, listed below, as well): Chimp_1 GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:CC:GG:GG:GG:GG Chimp_2 GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:CC:GG:GG:GG:GG Chimp_3 GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:CC:GG:GG:GG:GG Chimp_4 GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:CC:GG:GG:GG:GG Chimp_5 GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:CC:GG:GG:GG:GG Pygmy Chimp GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:??:CC:GG:GG:GG:GG Gorilla GG:AA:GG:AA:TT:GG:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:CC:GG:GG:GG:GG ====================================================================================================== Additional Ape Data (includes 65 positions variable in within- and/or between-species comparisons) ====================================================================================================== Key same as above. Gene Positions: -3074, -2993, -2992, -2963, -2907, -2898, -2796, -2795, -2788, -2780, -2759, -2728, -2701, -2697, -2634, -2599, -2462, -2461, -2458, -2335, -2228, -2215, -2144, -2064, -2012, -1950, -1880, -1876, -1807, -1795, -1350, -1297, -1248, -1168, -1089, -1049, -1028, -950, -946, -905, -831, -809, -708, -677, -599, -518, -376, -309, -221, -171, -127, -115, -108, -98, 4, 21, 76, 135, 160, 171, 249, 256, 361, 394 (-) (+) ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------- 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 9 9 9 9 8 7 7 7 7 7 7 7 6 6 5 4 4 4 3 2 2 1 0 0 9 8 8 8 7 3 2 2 1 0 0 0 9 9 9 8 8 7 6 5 5 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 3 3 7 9 9 6 0 9 9 9 8 8 5 2 0 9 3 9 6 6 5 3 2 1 4 6 1 5 8 7 0 9 5 9 4 6 8 4 2 5 4 0 3 0 0 7 9 1 7 0 2 7 2 1 0 9 2 7 3 6 7 4 5 7 6 9 4 3 2 3 7 8 6 5 8 0 9 8 1 7 4 9 2 1 8 5 8 5 4 4 2 0 0 6 7 5 0 7 8 8 9 9 8 0 6 5 1 9 8 7 9 8 6 9 1 1 7 5 8 8 4 1 6 5 0 1 9 6 2 1 4 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------- Human Consensus TT:GG:AA:GG:AA:CC:GG:GG:AA:AA:CC:TT:GG:TT:TT:TT:CC:AA:TT:GG:AA:GG:AA:CC:GG:TT:GG:TT:GG:GG:CC:GG:AA:CC:GG:CC:CC:GG:GG:AA:AA:TT:TT:GG:CC:GG:GG:GG:CC:AA:AA:CC:GG:CC:AA:TT:AA:GG:TT:GG:CC:CC:GG:CC:GG Chimp_1 CC:GG:AA:GG:GG:GG:TT:GG:GG:AA:TT:TT:GG:TT:CC:CC:TT:GG:CC:GG:GG:AA:TT:TT:GG:CC:GG:CC:GG:CC:TT:GG:GG:TT:AA:AA:TT:TT:GG:AA:GG:CC:TT:AA:TT:AA:AA:GG:AA:AC:CC:CC:GG:CC:TT:CC:GG:AA:GG:AA:AA:GG:GG:TT:GG Chimp_2 CC:GG:AA:GG:GG:GG:TT:GG:GG:AA:TT:TT:GG:TT:CC:CC:TT:GG:CC:GG:GG:AA:AA:TT:GG:CC:GG:CC:AA:CC:CC:CC:GG:TT:AA:AA:TT:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:TT:AA:GG:CC:AA:CC:CC:CC:GG:CC:TT:CC:GG:AA:GG:GG:AA:GG:GG:TT:GG Chimp_3 CC:GG:AA:GG:GG:GG:TT:GG:GG:AA:TT:TT:GG:TT:CC:CC:TT:GG:CC:GG:GG:AA:AA:TT:GG:CC:GG:CC:AA:CC:CC:CC:GG:TT:AA:AA:TT:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:TT:AA:GG:CC:AA:AA:CC:CC:GG:CC:TT:CC:GG:AA:GG:GG:AA:GG:GG:TT:GG Chimp_4 CC:GG:AA:GG:GG:GG:TT:GG:GG:AA:TT:TT:GG:TT:CC:CC:TT:GG:CC:GG:GG:AA:AA:TT:GG:CC:GG:CC:AA:CC:CC:CC:GG:TT:GG:AA:TT:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:TT:AA:GG:CC:AA:AA:CC:CC:GG:CC:TT:CC:GG:AA:GG:GG:AA:GG:GG:TT:GG Chimp_5 CC:GG:AA:GG:GG:GG:TT:GG:GG:AA:TT:TT:GG:TT:CC:CC:TT:GG:CC:GG:GG:AA:AA:TT:GG:CC:GG:CC:AA:CC:CC:CC:GG:TT:GG:AA:TT:TT:GG:AA:GG:CC:GG:AA:TT:AA:GG:CC:AA:AA:CC:CC:GG:CC:TT:CC:GG:AA:GG:GG:AA:GG:GG:TT:GG Pygmy Chimp CC:GG:AA:GG:GG:GG:TT:GG:GG:AA:TT:TT:GG:TT:CC:CC:TT:GG:CC:GG:GG:AA:TT:TT:GG:CC:GG:CC:GG:CC:TT:GG:GG:TT:??:??:??:??:??:??:GG:CC:TT:AA:TT:AA:GA:GG:AA:AA:CC:CC:GG:CC:TT:CC:GG:AA:GG:GA:AA:GG:GG:TT:GG Gorilla TT:GG:AA:GG:GG:CC:GG:AA:AA:AA:CC:TT:GG:TT:CC:CC:CC:AA:CC:GG:GG:AA:AA:TT:GG:CC:GG:TT:GG:CC:CC:GG:GG:TT:GG:AA:CC:GG:GG:AA:AA:CC:TT:AA:CC:AA:GG:GG:AA:AA:CC:CC:GG:TT:AA:CC:AA:GG:GG:GG:AA:CC:GG:TT:GG